Η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας (ΥΠΑ) είναι αρμόδια για την ρύθμιση, αδειοδότηση και παροχή υπηρεσιών εναέριας κυκλοφορίας στην περιοχή πτήσεων Μαγνησίας και του Αερολιμένα Ν.Αγχιάλου, για τη διαχείριση και ανάπτυξη του Αερολιμένα, τη σύναψη διμερών αεροπορικών συμφωνιών με τρίτες χώρες, την παροχή αεροναυτικών πληροφοριών.

Ουσιώδεις δραστηριότητες του Τμήματος αποτελούν επίσης η ασφάλεια πτήσεων (αδειοδότηση πληρωμάτων και μηχανικών, αεροπλοϊμότητα, πτητικές επιχειρήσεις), η εφαρμογή του Προγράμματος για την Ασφάλεια Πολιτικής Αεροπορίας (Security) και η εφαρμογή του κοινοτικού κεκτημένου στον τομέα των αερομεταφορών.

Είναι επίσης υπεύθυνη για την πλήρη εφαρμογή του Νόμου περί Πολιτικής Αεροπορίας (Ν.213(Ι)/2002) ο οποίος και έχει θεσπιστεί από τις οδηγίες της Ευρωπαϊκής Ένωσης όσον αφορά τις αερομεταφορές.

Η υιοθέτηση και εφαρμογή του Ευρωπαϊκού Κεκτημένου είναι μια συνεχής διαδικασία γι’ αυτό το Τμήμα παρακολουθεί σε συνεχή βάση τις νομοθετικές εξελίξεις στην Ε.Ε. ούτως ώστε να είναι σε θέση να εφαρμόζει άμεσα τους νέους Κανονισμούς και Οδηγίες που εκδίδονται.

Το Τμήμα Πολιτικής Αεροπορίας βρίσκεται στο στάδιο εφαρμογής προγράμματος αναδιάρθρωσης της Δομής και Υπηρεσιών του με τη συμβολή ξένων εμπειρογνωμόνων για αποτελεσματικότερη ικανοποίηση των στόχων και της αποστολής του.

Ως πρώτο και άμεσο βήμα ικανοποίησης υποχρεώσεων έναντι κανονισμών της Ευρωπαϊκής Επιτροπής έχει διαχωρίσει τις Υπηρεσίες Παροχής Ελέγχου Εναέριας Κυκλοφορίας από αυτές της Εθνικής Ρυθμιστικής Αρχής της οποίας η οργάνωση και στελέχωση γίνεται με τη βοήθεια του Ευρωπαϊκού Οργανισμού για την Ασφάλεια της Αεροναυτιλίας EUROCONTROL.